1761 wurden Kirche und Pfarrhaus erstellt. Ein grosser Gönner war Johannes Pfister ehemals Pfarrer in Bernhardzell. Für die Kirche wurden folgende Innenmasse vorgeschrieben: Breite 9,9m; Länge des Chors 7,5m; Langhaus 15,6m; Mauerhöhe 9m; Turmhöhe 13,2m. Der Eingang, von einem Vorzeichen auf vier Pfeilern gestützt, lag anscheinend an der Nordflanke der Kirche. Im Innern sollten ein Gipsplafond, ein Tonplattenboden, eine Bestuhlung auf Holzrost und zwei Beichtstühle entstehen. Der Rohbau erfolgte 1763. Nach einem vom Bischof von Konstanz verhängten Baustopp im November des gleichen Jahres trat ein Stillstand ein. Erst als die Pfarreigründung gesichert war, erhielten die Nachfahren des Josef Holenstein am 21. April 1764 die Erlaubnis, die alte Kapelle abzubrechen, um das Baumaterial und das Inventar an die neue Kirche zu verwenden.
Erster Pfarrer in Mühlrüti war Johann Josef Andermatt von Zug. Die Konsekration fand am 5. Juni 1766 durch Nuntius Aloisius Valenti Gonzaga zu Ehren St. Joseph, Otmar und Theodul statt. Vorerst begnügte man sich mit der alten Kapellausstattung und verzichtete auf ein Angebot, die alten Altäre aus der 1761 abgebrochenen Kirche Niederbüren zu übernehmen. 1769 kaufte man – zusätzlich zum übernommenen Kapellglöcklein – in Konstanz eine Glocke von 10 Zentnern im Betrag von 240 Gulden. Der Glockenstuhl war für drei Glocken berechnet. 1772 lieferte Jakob Schneider von Bussenhausen eine Turmuhr. Die Künstler für die neuen Altäre stammten aus dem obersten Donaugebiet. Nach dieser Ausstattungsphase kamen 1789 auch die Deckengemälde und die Rokokostukkaturen zur Ausführung.
1826/27 baute Zimmermann Brühwiler ein neues, d.h. noch heute bestehendes Pfarrhaus, für welches der katholische Administrationsrat 1200 Gulden beisteuerte. 1850 wurden die Kirchenbänke renoviert sowie das Dach der Kirche und des angebauten alten Pfarrhauses ausgebessert. Die Orgel wies sieben Manual- und drei Pedalregister auf und kostete 1500 Franken. Sie kam auf die Westempore zu stehen. 1861 wurde das angebaute Pfarrhaus abgebrochen und auf dessen Grundmauern die Kirche um knapp einen Drittel nach Westen verlängert. 1864 fand die erste Restaurierung des Innern statt. 1868 wurden zwei Glocken aus der abgebrochenen Stadtkirche Lichtensteig angekauft. 1881 wurde die Orgel revidiert. 1924 erhielten die Mühlrütner eine neue Orgel mit dreiachsigem Arkadenprospekt.
1925 gab es eine neue Uhr. 1931 erhielt der Turm ein neues vierteiliges Geläut. 1960 erfolgte der Bau einer neuen Sakristei östlich des Turms. 1975 fand eine Gesamtrestaurierung statt in der die Orgel ersetzt und neue Beichtstühle im Schiff platziert wurden.
Auf den Seiten des Hochaltars auf Volutenbögen sitzen die heiligen Bischöfe Theodul (Mitpatron der Pfarrkirche Mosnang) und Konrad (Patron des Bistums Konstanz). Neben dem Tabernakel stehen die weissbemalten St. Gallerpatrone Otmar und Gallus.
